Un aspecto importante en los Appaloosa actuales es el de su pelaje, llamado "pecoso" o "appaloosa" (en minúscula). Hay otras razas de caballos con este pelaje "appaloosa". En algunos casos como color exclusivo y en otros como pelaje ocasional o frecuente junto a otros colores.

El fenómeno de color que distingue al caballo appaloosa se encuentra en la base genética de los caballos primitivos. Aparece, por ejemplo, plasmado en pinturas rupestres que datan de hace más de 20 000 años, como las de Peche-Merle, Francia.

En la antigua Persia se tenía un gran aprecio a estos caballos moteados y los consideraban como los caballos sagrados de Nicea.

En China se usaron estos caballos desde el 100 a. C. para la guerra, desplazando así al pequeño caballo centroasiático. A partir del siglo VII se les encuentra en artículos de arte, reconociéndose así el gusto que los chinos tenían por estos caballos.

En Europa los caballos moteados aparecen a través de la historia, abundando más entre los caballos españoles y lippizanos.

En América era común ver el color punteado entre los caballos españoles de los conquistadores del siglo XVI, por lo que cabe suponer que el origen del caballo appaloosa no es otro que el caballo español de una capa determinada, que empezó a ser seleccionado probablemente por los indios Nez Perce que vivían en la región noroeste de lo que hoy son los Estados Unidos, en los estados actuales de Washington y Oregón.

Fueron los Nez Perce quienes vieron en este caballo el prototipo de animal que buscaban para sus actividades de caza y guerra, en particular por su color, nobleza, versatilidad y fortaleza de estructura. Fueron más de 200 años de una práctica cuidadosa de selección de los caballos, usando para la reproducción solo los mejores representantes de la raza ideal que deseaban. Es así que fijaron genéticamente los elementos que distinguen hoy en día al appaloosa. El nombre de la raza appaloosa proviene del río Palouse, que atravesaba la región habitada por los Nez Perce.

Piezas de cerámica, como esta de principios de la era cristiana, muestran el gusto de los chinos por la capa tan representativa del moderno appaloosa.

Esta raza de caballos se transformó en «moderna» a partir de la formación del Appaloosa Horse Club en 1938. Desde ese año se estableció un programa de mejora de la raza a través de cruzas con caballos cuarto de milla, pura sangre y árabe.

Hoy en día es la raza que goza del tercer lugar mundial en popularidad, con más de 600 000 caballos registrados en el Appaloosa Horse Club.

El caballo appaloosa se colorido, nobleza, inteligencia y versatilidad.

Los caballos appaloosa tienen otras tres características distintivas:

Piel moteada: característica única de este caballo. La piel del apaloosa tiene áreas oscuras intercaladas en la piel rosada y da como resultado una piel pecosa, y que es el indicador más importante para el reconocimiento de esta raza. Además del hocico y alrededor de los ojos, también se localiza en el área genital. Muchas razas tienen manchas de piel rosa sin pigmentación, que no se debe confundir con la piel moteada del appaloosa.

Esclerótica ocular: La esclerótica es la capa de tejido conectivo duro, blanco y fibroso que recubre la mayor parte del ojo.1 La parte blanca del ojo humano es un ejemplo. Todos los caballos tienen esclerótica, pero la del appaloosa es blanca y normalmente mucho más visible que en otras razas. Todos los caballos muestran blanco alrededor del ojo si los giran hacia arriba o hacia abajo o si se levanta el párpado. La esclerótica blanca es visible en todo momento en el caballo Appaloosa y es una de las características distintivas. No es necesariamente característica Appaloosa si el lucero en la cara del caballo rodea a los ojos.

Cascos rayados: muchos Appaloosa tienen rayas verticales claras y oscuras bien definidas en el casco. Hay que tener cuidado de distinguir que estas rayas blancas no se originen en una lesión en la corona o de una calceta blanca en la pata del animal. Si hay duda sobre esta característica hay que confirmar que el animal tenga las otras características Appaloosa.