Su existencia es muy antigua y es un ejemplo de raza preservada a lo largo de los siglos. Tiene su origen en los caballos meridionales de la Península Ibérica. Es un pariente cercano del caballo mallorquín y del caballo catalán, este último ya extinguido. Es una raza de caballo propia de Menorca.

Es una raza que siempre ha sido apreciada, ya sea para el campo como para la equitación. Nunca ha estado en peligro real de extinción, ya que hace doscientos años que se utilizan en las fiestas de Sant Joan, mucho antes de que se dejaran de utilizar para los trabajos del campo. Fue reconocido como raza en 1988 por la Jefatura de Cría Caballar del Ministerio de Defensa. Actualmente, su Libro Genealógico y su Programa de Conservación y Mejora oficiales se encuentran gestionados por la Asociación de Criadores y Propietarios de Caballos de Raza Menorquina, existiendo contablizados más de 3000 ejemplares y la cifra va en aumento cada año, con una media de 250 nacimientos anuales.

Debido a la popularidad de las Fiestas patronales de Menorca, en las que los caballos son los grandes protagonistas, ha aumentado mucho su demanda externa y sus poseedores se dedican a la venta de potros, tanto a nivel insular como en el extranjero, siendo Francia, Italia y Holanda los principales núcleos externos. No obstante, dado el carácter insular de la raza y por tener un área de distribución en principio muy restringida, los criadores del caballo menorquín pretenden enfocar la producción de más caballos de esta raza con otros fines además de la exhibición en espectáculos y festejos populares, que además tienen una demanda limitada. Es por eso que actualmente la raza se está enfocando a otros fines similares, destacando particularmente su participación en eventos deportivos de Doma clásica y Doma menorquina. Actualmente la raza está siendo seleccionada para obtener caballos siempre de capa negra, de mayor alzada a la original y unas cualidades de conformación y funcionalidad adecuadas para destacar en los eventos en los que participen.