Los orígenes del San Fratelano son inciertos. Algunas versiones afirman que son descendientes de razas de caballos importadas al este de Sicilia por los árabes, mientras que otras versiones afirman que sus raíces son nórdicas, traídas por los normandos. Cualquiera que sea su verdadero origen, lo que sí está claro es que su actual porte le viene de cruces con razas muy diversas, como son el caballo Lipizzano, el Nonius Húngaro, el Marismeño y el Pura Sangre Inglés.

Este caballo de tamaño ligeramente grande presenta una alzada de cruz que oscila entre los 155 y los 170 centímetros. Su cruz es ancha, aunque poco evidente, sus hombros inclinados y poderosos, aunque cortos, y su dorso ancho, musculoso y ligeramente largo. Sus extremidades son muy poderosas, terminando en unos cascos sólidos y resistentes.

Sus capas principales son bayo y negro y presentan mucho pelaje en las crines. Su fuerte cuello termina en una cabeza de perfil rectilíneo.

Es una raza de caballos que destaca por su fiabilidad y por lo voluntariosos que son para el trabajo. El San Fratelano puede ser apto para carreras de saltos de obstáculos, gracias a su porte y su estilo elegante. Aunque puede ser también un excelente caballo de campo gracias a su docilidad y adaptabilidad.