Su nombre no significa que es originario de la isla de Malta, ya que el adjectivo « maltés » proviene del vocablo semítico « màlat » que quiere decir refugio o puerto; esta raíz semítica se encuentra en toda una serie de nombres de lugares marítimos, como por ejemplo en el nombre de las isla adríatica de Méléda, en el de la ciudad siciliana de Melita y justamente también en el de la isla de Malta. .

Los ancestros de este pequeño perro vivían en los puertos de las ciudades marítimas del Mediterráneo Central, en donde combatían a las ratas y ratones que pululaban en las tiendas portuarias y en las bodegas de los barcos. En su nomenclatura de los perros de la época, Aristóteles (384-322 A.C.) menciona una raza de pequeños perros a los cuales atribuye en latín el nombre de « canes melitenses ». Este perro era conocido en la antigua Roma: como compañero preferido de las matronas, fue elogiado por Estrabón, poeta latino del siglo primero. El Bichon Maltes aparece en representaciones de numerosos pintores del Renacimiento en donde se le ve en los salones de la época acompañando a las bellas damas de ese tiempo.