El Alaskan Malamute era criado por una tribu de inuits llamada mahlemiut. El significado de la palabra "mahle" es desconocido, pero sí se sabe que "miut" significa pueblo de. Por tanto se puede interpretar mahlemiut como pueblo de Mahle. Siguiendo la fonética inglesa, la dicción se transforma luego en "malamutes".

Esta tribu vivía en Alaska, en una gran región que antiguamente formaba parte del imperio y que fue vendida a Estados Unidos en 1867 por 7.200.000dolares.

La zona habitada por el pueblo de los malamutes era la denominada del Kotzebue Sound, un territorio comprendido entre dos grandes ríos: el Kobuk y el Noatak.
Los hombres y mujeres de la tribu de los mahlemiut eran muy apreciados entre las demás tribus inuit. Vivían sobre todo de la pesca, a lo largo de las costas y los ríos, y de la caza del caribú, cuyas migraciones estacionales seguían.

Estos perros eran famosos por su belleza y por sus características de fuerza y resistencia, que hacían de ellos óptimos elementos para el tiro. Eran, en general, más grandes y potentes que los demás perros nórdicos, con aspecto similar al lobo y grandes colas llevadas sobre el lomo.
Tres fueron las principales líneas de sangre que dieron origen al Alaskan Malamute: laKotzebue, la M'Loot y la tercera conocida como Hinmann o Hinmann-Irwin por el nombre de los perros. Las dos primeras son sin duda, las más importantes numéricamente, pero también la tercera tuvo una notable influencia en la raza.

A la línea Kotzebue pertenecían los primeros Malamutes registrados por el AKC (American Kennel Club); son los que habían servido para estudiar el estándar y habían proporcionado un primer "stock" homogéneo para el reconocimiento de la raza. Eran, en general de talla inferior a los sucesivos M´Loot, que tenían hermosas cabezas anchas, con orejas generalmente pequeñas y bien implantadas; tórax de barril bien desarrollado, patas traseras muy bien anguladas y un movimiento desenvuelto y elástico.

Trás el reconocimiento de la raza por parte del AKC volvió a abrir las inscripciones durante un segundo período. Esta vez antes de ser registrados los perros eran sometidos a normas más severas: debían conseguir 10 puntos de campeonato, es decir, obtener la puntuación necesaria para llegar a ser campeón de belleza.

Fue en este período cuando se registraron numerosos Malamutes de la línea M´Loot o M´Loot/Hinmann.
La línea M´Loot presentaba en general ejemplares de talla más grande, con cabeza más estrecha, hocico más afilado, orejas más largas y de nacimiento más alto, tórax más estrecho, patas traseras menos angulosas y un movimiento más rígido y en forma de salto. Al cierre de las inscripciones por parte del AKC se obtuvo un "stock" heterogéneo de perros con los que criar y daba la posibilidad a los criadores de seleccionar trabajando sólo con líneas puras de sangre o combinándolas entre si.

En las primeras décadas del siglo XX en Estados Unidos fueron muchos los que sintieron la fascinación de las razas nórdicas y se apasionaron por ellas hasta el punto de comenzar a criarlas. Los perros de trineos se habían hecho famosos por sus hazañas y, agotada la fiebre del oro, cada vez con mayor frecuencia se organizaron competiciones de perros de trineo que en poco tiempo asumieron importancia nacional e internacional. En aquellos años las competiciones gozaron de un éxito de público sin precedentes, y muy pronto en torno a este interés, floreció un sistema de apuestas con sumas exorbitantes.
La fiebre del oro había hecho acudir a buscadores y aventureros de todos los rincones de la tierra, de forma que la población de aquella zona creció como nunca, mientras pueblos y pequeñas ciudades parecían surgir de la nada. De todas formas el Norte seguía siendo un territorio duro e inhóspito, donde durante mucho tiempo comunicaciones y transportes sólo eran posibles con trineos tirados por perros.

En aquellos años se hicieron famosos, e incluso legendarios, mushers como Scotty Allan, Leonard Sepala y Arthur Walden. La primera gran carrera, organizada en 1908, fue Alaska Sweepstakes, de 408 millas, de Nome a Candle y vuelta. Esta se fue repitiendo cada año mientras se iban añadiendo otras hasta la mítica Iditarod.

Al final del siglo XIX aumentó el uso de los perros de trineo y las carreras se hicieron populares. La necesidad de velocidad puso en peligro al malamute, ya que éste era un perro poderoso, capaz de arrastrar grandes pesos a través de jornadas inacabables, pero no estaba construido para la velocidad. Los Malamutes fueron entonces cruzados con perros más ligeros y rápidos y la raza casi desapareció. Este se pudo salvar gracias a los esfuerzos combinados de Eva Short Shelley y su marido, Milton, de Nueva Inglaterra, y Arthur Treadwell Walden en New Hampshire.